Er is nooit helderheid gekomen over het lot van dit instrument. Het verdwijnen van de cvr is bijna tien jaar na dato nog steeds opmerkelijk omdat bij vrijwel alle vliegtuigongelukken nadien, de cvr's steeds gevonden zijn. Daardoor is de verdenking blijven hangen dat het apparaat bewust is achtergehouden. Kennelijk omdat er iets te verbergen was. Ook de Bijlmer-enquete waarvan in april 1999 het eindrapport verscheen kon geen definitief uitsluitsel geven.

Uit de annalen van deze enquete memoreren we de volgende discussie:
Mevrouw Oederaj Singh Varma (voormalig kamerlid GroenLinks):..."Was de verdwijning van de cockpit voice recorder voor u geen aanleiding voor een strafrechtelijk onderzoek?
Mevrouw Sorgdrager (voormalig minister van Justitie): Niet in 1996 of later. Als je een cockpit voice recorder wilt vinden, moet je dat onderzoek meteen doen en niet nog eens na een aantal jaren, tenzij je op dat moment nadere aanwijzingen krijgt waardoor je zegt, nu heeft het zin om eventueel nog nader onderzoek te doen. Dat is natuurlijk met al deze dingen zo. Als je vier of vijf jaar na de ramp strafrechtelijk onderzoek wilt doen, is dat natuurlijk ontzettend moeilijk."

De cvr was dus weg en bleef weg. Er zijn vele discussies geweest waar het ding gebleven zou kunnen zijn. Als optie's werden genoemd: verzamelaars, het apparaat zou kunnen zijn verbrand, het zou kunnen zijn afgevoerd naar een vuilstortlokatie, en, mogelijkerwijze, was ie wel aan boord?
"Op grond van verklaringen van medewerkers van El Al concludeert de Rvdl (Rijksdienst voor de Luchtvaart) in 1994 in haar eindrapport dat de "CVR wel aan boord is geweest." Getuigen hebben verklaard dat het apparaat gezien is voor het vertrek van de rampvlucht. De heer Gaalman, medewerker van El Al, in antwoord op vragen van commissielid Van den Doel (VVD):" Ik heb ze gezien." (doelend op de flight data recorder en de cvr, de cockpit voice recorder)

Zou dit instrument zijn afgevoerd via het vergruizingsbedrijf Steenkorrel op het Zeeburgereiland waar het puin van de Bijlmer werd verwerkt? Het zou mogelijk kunnen zijn. Het meest gezochte kastje van de ramp zou ook daar over het hoofd gezien kunnen zijn.
Maar het puin van het vliegtuig is eerst vervoerd naar Hangar 8 op Schiphol. Daar ging het door de handen van vele mensen.
Mevrouw Oederaj Singh Varma: "Zocht u nadrukkelijk, tijdens uw werk daar, ook naar de flight data recorder en de cockpit voicerecorder?"
De heer Pruis: "Ja, dat is een van de prioriteiten van een ongevals onderzoek. U moet zich voorstellen dat er heel grote containers binnen komen.( ) Daar is stukje voor stukje alles uitgetild dat van belang was. Dat is door de handen van mensen gegaan. Als je dat zorgvuldig uitlaadt, dan moet je een ding dat zo groot is als een cockpitvoicerecorder echt kunnen vinden."